1、挂线疗法：即将胶圈由外口穿过瘘管，从内口穿出，紧紧结扎，使瘘管壁发生坏死，成为开放性伤口，达到治疗的目的。
　　2、瘘管切开术：是将瘘管全部切开开放.靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。
　　3、切除术：该手术不切断外括约肌，适用于低位肌瘘和后方浅部蹄形肛瘘。
　　上面介绍的是比较常见的几种手术治疗肛瘘的方法，这些方法需要相应的病情，术后创口较大，需要很长时间来恢复。所以做肛瘘手术，还是微创疗法好。

　　治疗肛瘘，关键就在于寻找内口，内口倘有遗漏，肛瘘必然治疗不彻底。东大医生采用HCPT微创疗法，利用直肠纤维镜进入到肛门里面，借助先进的探针配合双氧水灌注的方法，准确找到全部内口。
　　通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样大便后，粪便里面的细菌和粪水无法进入周围的组织，由此阻断感染源头及痛感，使之痊愈。在治疗肛瘘的同时，不损伤肛门功能，将手术创口至少缩小了三分之二，较大程度减少了对机体的损害。

　　随着医学的发展，治疗肛瘘又推出了一种更精细的治疗方法——STARR微创术，它是利用弧形吻合装置，科学放置弧形切除器，前后配置3层纵横交叉钛钉，吻合严密牢固，对瘘管和多余组织进行选择性切除，不破坏肛垫正常生理功能，避免术后肛管直肠狭窄。 　　STARR微创术尤其适用于合并了痔疮的复杂性肛瘘，能准确找到所有内口，无遗漏，从根源治疗，大大减少了手术创伤，并保护肛垫，不留后遗症。